DotNetNuke 対応ホスティングサービスに、「at link 専用サーバサービス」を追加
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新規ウインドウで開いた場合だけ別のスキンをあてたいということでしょうか？
希望されているものになるかどうか分かりませんが、次のような方法はどうでしょうか？
モジュールに印刷を可能にする設定があると思いますが、これを有効にすると、モジュールを別窓で開いて印刷に適した表示にしてくれます。
これはどうやっているかというと、単にモジュールのみを指定して表示し、更に印刷用のスキンをあてているというだけです。そして、そのための情報はＵＲＬに埋め込まれています。つまりURLの指定だけでそれらの変更が可能ということです。
ここのサイトで印刷が可能になっているモジュールがあれば分かりやすいのですが、見つけられなかったので強引にやってみます。
「ＤＮＮの特徴」ページのＵＲＬは通常では以下の通りです
http://www.dotnetnuke.jp/tabid/422/Default.aspx
これを印刷ページとして表示にすると以下のようになります。（実際はページではなくモジュール単体を指定しますが）
http://www.dotnetnuke.jp/tabid/422/dnnprintmode/true/Default.aspx?SkinSrc=%5bG%5dSkins%2f_default%2fNo+Skin&ContainerSrc=%5bG%5dContainers%2f_default%2fNo+Container
URLを見るとなんとなく分かりますが、dnnprintmodeにし、スキンとコンテナには_defaultをあてるという指定です。
dnnprintmodeがどういう働きをしているのかは調べたことはありませんが、以下のようになくても動きます。
http://www.dotnetnuke.jp/tabid/422/Default.aspx?SkinSrc=%5bG%5dSkins%2f_default%2fNo+Skin&ContainerSrc=%5bG%5dContainers%2f_default%2fNo+Container
残りのパラメータはスキンとコンテナのデザインをしていているだけです。_defaultの部分をDNN_Blueに変えてみます。
http://www.dotnetnuke.jp/tabid/422/Default.aspx?SkinSrc=%5bG%5dSkins%2fDNN_Blue%2fNo+Skin&ContainerSrc=%5bG%5dContainers%2fDNN_Blue%2fNo+Container
このように、管理画面で設定しなくてもURLだけでスキンを変更することが可能ですので、ポップアップ用のリンクの中にこのパラメータを付加して（スキン名は好みのものに変更してください）やればOKです。